VNC Connect のライセンスはインストールするソフトウェアの数だけ必要となります。
例えば1台の物理サーバ上で2台の仮想マシンを稼働させており、それぞれにVNC Connect をインストールする場合、必要なライセンス数は2となります。
ただし、Virtual Modeでご利用の際は、展開する仮想デスクトップへの接続数に応じて必要なライセンス数が決まりますのでご注意ください。
Understanding VNC Server Modes
https://help.realvnc.com/hc/en-us/articles/360002253238