（REFPROP）社外論文を作成しているのですが、商標マークの要否など、論文中のREFPROPの記載方法に制限はありますか？

とくに論文内での表記に関する規定はございません。

2. COPYRIGHT AND USE RESTRICTIONS
   https://www.nist.gov/system/files/documents/2018/08/02/nist_refprop_v10_site_license_agreement_7_17_18.pdf

一般的に、文章中に記載する場合には、対象の文字列を他の文字と区別ができるよう記載することが望ましいとされております（括弧「」や引用符“ ”、文字の書体を変えるなど）。